为什么用同一个序列胶回收产物作为模板跑胶胶回收送测序，三个片段的测序结果都是60%的相似性？

第一次克隆基因CDS胶回收结果很好，第二次胶回收以第一次胶回收产物为模板，克隆三个该基因的片段，胶回收浓度不够（但是也不低），第三次胶回收是以第二次为模板（为了提高浓度）以含有T7的引物序列为引物，测序用的T7结果三个片段都是百分之六十多，这是为啥啊有没有人帮忙解答一下。